在治疗巧克力囊肿方面，主要有以下几种常见方法。

• 囊肿剥除术：这是较为常用的手术方式，医生会在腹腔镜下仔细地将囊肿从周围组织中剥离出来，尽量保留正常的卵巢组织，这样既能去除囊肿，又能维持卵巢的部分功能，对于有生育需求的女性来说是较为理想的选择。
• 患侧卵巢切除术：当囊肿较大、粘连严重或者病变累及整个卵巢时，可能会选择切除患侧卵巢，以彻底去除病灶，但这种手术会影响卵巢的内分泌功能，对卵巢储备功能有一定影响。

• ** GnRH-a（促性腺激素释放激素类似物）**：如亮丙瑞林、戈舍瑞林等，这类药物能抑制垂体的促性腺激素分泌，从而使卵巢分泌的雌激素明显下降，造成体内低雌激素状态，使异位的内膜组织萎缩，达到治疗巧克力囊肿的目的。通常需要连续使用数月，在治疗期间会出现闭经等低雌激素症状，如潮热、盗汗、骨质丢失等副作用。
• 孕激素类药物：像甲羟孕酮、孕三烯酮等，通过抑制子宫内膜生长，使异位内膜萎缩，从而缓解巧克力囊肿的症状。但这类药物可能会引起体重增加、肝功能异常等不良反应。