子宫内膜不适应

在自然受孕中受精卵通常在子宫内膜处着床。然而试管婴儿过程中，子宫内膜未能适应并提供足够的环境来接纳囊胚。这可能是由于多种原因引起的，如子宫内膜厚度不足、子宫内膜缺乏血液供应等。当子宫内膜无法提供理想环境时，即使是优质囊胚也可能晚着床。

在某些情况下优质囊胚可能与子宫内膜之间存在亲和性差异。每个女性的子宫内膜都有其独特的特点和生理状态，有时这些特点可能与囊胚的特性不完全匹配，导致优质囊胚晚着床。

激素水平异常

激素在着床过程中起着重要作用。孕激素（如黄体酮）和雌激素在子宫内膜准备和维持过程中发挥关键作用。如果女性体内这些激素的水平异常，就会影响到囊胚的着床。

例如黄体酮水平过低可能会导致子宫内膜无法达到理想状态，从而影响囊胚的着床。此外雌激素水平过高或过低也会对子宫内膜产生不良影响，进而影响囊胚的着床能力。

免疫系统反应

免疫系统在保护身体免受外来物质侵害方面起着重要作用。然而在某些情况下免疫系统可能对囊胚产生不良反应，干扰其正常着床。