三个月宝宝夜里哭闹的原因主要有肠绞痛、缺钙、尿不湿不舒服、饥饿或者积食、缺乏安全感。具体如下：

1、肠绞痛：三个月宝宝夜里哭闹可能是肠绞痛引起的。三个月的宝宝肠道蠕动还不成熟，容易发生肠绞痛的现象，此时宝宝肠胃不舒服，就有可能出现夜里哭闹的现象。

2、缺钙：三个月宝宝夜里哭闹可能是缺钙引起的。三个月的宝宝对钙的需求量比较大，如果没有注意补充导致缺钙，可能会导致神经兴奋性增高，从而出现夜里哭闹的现象。

3、尿不湿不舒服：三个月宝宝夜里哭闹可能是尿不湿不舒服。三个月的宝宝夜间睡觉需要穿尿不湿，如果尿了或者拉了，会导致不舒服，引发夜里哭闹的情况。

4、饥饿或者积食：三个月宝宝夜里哭闹可能是饥饿或者积食。三个月宝宝睡前吃得过少会导致夜里饥饿，吃得过多会导致积食，这些都会导致宝宝睡觉睡觉不踏实，引发哭闹的情况。

5、缺乏安全感：三个月宝宝夜里哭闹可能是缺乏安全感。三个月宝宝对外界的环境太没有完全适应，缺乏安全感，夜里睡觉的时候容易不踏实，从而导致出现哭闹的现象。